浙江清华长三角研究院杭州分院是由杭州市政府、上城区政府和浙江清华长三角研究共建，是自收自支的事业单位，实行企业化管理。根据2014年习近平总书记提出的“把研究院建设成为具有先进水平的新型创新载体”批示要求，杭州分院践行“政、产、学、研、金、介、用”北斗七星的发展模式，面向市场、聚焦产业，与企业共成长，走出了一条“投资+孵化、产业+平台、人才+资本”为核心的双创平台建设之路，形成了互联网（大数据）、军民融合、生物医药、能源环保四大产业布局，共引进的科技型投资型企业177家，引进和自主培养国家千人计划5人。自主运营的“清创空间”获国家级众创空间称号，杭州分院获省级科技企业孵化器称号。
